根据2015年4月学校官网显示，香港科技大学拥有国家重点实验室2个，高等研究院1个，中国内地科研平台4个，中央研究设施9个，研究中心51个，研究所12个。
国家重点实验室（2个）：先进显示与光电技术国家重点实验室、分子神经科学国家重点实验室
高等研究院（1个）：香港科技大学赛马会高等研究院
中国内地科研平台（4个）：香港科技大学深圳研究院、香港科技大学霍英东研究院、香港科技大学LED-FPD工程技术开发中心、浙江香港科技大学先进制造研究所
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先进工程材料实验所 |
设计与制造服务所 |
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动植物养育实验所 |
环境实验所 |
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生物科学实验所 |
岩土工程离心机实验所 |
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中电风洞实验所 |
材料测制实验所 |
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纳米电子制造实验所 |
| 大气研究中心 | 香港科技大学-德国电信系统与媒体实验室 |
| 先进微系统封装中心 | 佛山市香港科技大学LED-FPD工程技术研究开发中心 |
| 应用社会经济研究中心 | 华为–香港科大联合实验室 |
| 亚太金融市场中心 | International Center for Advanced Computing & Communication Technologies |
| 商务数据分析研究中心 | 分子神经科学中心 |
| 企业策略与创新研究中心 | 新元素-香港科大数字健康, 医疗物联网联合研究中心 |
| 癌症研究中心 | 光电科技中心 |
| 中国语言学研究中心 | 物联网研发中心 |
| 中药研发中心 | 科大理学院-高等研究院超分辨成像中心 |
| 显示技术研究中心 | 半导体产品分析及设计增值中心 |
| 实验商学研究中心 | 智能及可持续发展基建研究中心 |
| 市场营销与供应链管理研究中心 | 华南研究中心 |
| 超材料研究中心 | 调查研究中心 |
| 科学计算研究中心 | 陈江和亚洲家族企业与创业研究中心 |
| 太空科学研究中心 | 康信商业案例研究中心 |
| 统计科学中心 | 同益实业集团电子商贸中心 |
| 干细胞研究中心 | 惠理投资研究中心 |
| 可持续能源技术研究中心 | 大气研究中心（nanshan） |
| 图像科学与计算中心 | 建筑物能源研究中心 |
| 流动信息科技中心 | 工程材料及可靠性研究中心 |
| 系统生物学与人类健康研究中心 | 绿色产品及加工技术研究中心 |
| 环境、能源与资源政策研究中心 | 高分子成型过程及系统中心 |
| 计算机网络空间中心 | 数字生活研究中心 |
| Finetex - 科大研究中心 | 北京-香港科大联合研究中心 |
| 恒隆组织管理中心 |
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先进制造研究所 |
香港科技大学高等研究院 |
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生物技术研究所 |
环境研究所 |
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香港科大能源研究院 |
集成微系统研究所 |
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科大新兴市场研究所 |
物流与供应链管理研究所 |
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香港科技大学机器人研究所 |
信和软件研究所 |
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香港电讯信息技术研究所 |
蒙民伟纳米科技研究所 |
（表格内容资料来源：2015年4月香港科技大学官网）
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